Hubungan Ter Stegen dengan pelatih Barcelona, Hansi Flick, telah menjadi salah satu penyebab ketegangan di dalam tim. Ketidakakuran mereka tidak terjadi secara tiba-tiba, melainkan sudah terjadi sejak keduanya bersama Timnas Jerman, di mana Flick lebih memilih Manuel Neuer sebagai kiper utama. Konflik ini kembali muncul saat pertandingan semifinal Liga Champions melawan Inter Milan, di mana Ter Stegen tidak dibawa dalam skuad karena memilih untuk tetap berlatih di Barcelona daripada mendukung rekan-rekannya di Milan. Keputusan ini menimbulkan ketegangan di ruang ganti dan mempertanyakan komitmen Ter Stegen terhadap tim Barcelona.
